A Mátyás-templom legjelentősebb felújítása 1873 és 1896 között történt, Schulek Frigyes vezetésével. A munkák célja az volt, hogy az épület visszanyerje középkori, gótikus jellegét, mert addig számos barokk és későbbi átalakítás torzította az eredeti formát. A felújítás során több régi elemet eltávolítottak, és új, gótikus stílusú részleteket terveztek, amelyek ma is meghatározzák a templom megjelenését. Ekkor készült el a templom jellegzetes, színes Zsolnay-cserepekkel fedett tetőzete, valamint a belső tér gazdag, festett díszítése. A felújítás a millennium közeledtével gyorsult fel, hogy az épület 1896-ra méltó állapotba kerüljön, és ez a korszak alakította ki a templom ma ismert arculatát. A 21. század elején ismét nagyszabású felújítás kezdődött, amely 2006 és 2013 között zajlott, és az épület teljes körű megújítását célozta. A munkák során felújították a tetőszerkezetet és kicserélték vagy restaurálták a sérült cserepeket, valamint megtisztították és kijavították a homlokzat kőelemeit. A belső térben restaurálták a falfestményeket, díszítéseket és berendezési tárgyakat, miközben korszerű épületgépészeti rendszereket is beépítettek. Nagy figyelmet fordítottak arra, hogy az eredeti historikus megjelenés megmaradjon, miközben az épület megfeleljen a mai műszaki és látogatói igényeknek. A felújítás eredményeként a templom szerkezeti állapota stabilabb lett, és ismét teljes pompájában fogadhatja a látogatókat és a hívőket.

Statikai tulajdonságokat javító injektálások készültek, ahol traszcementes injektáló sziszpenziót alkalmaztunk. Az anyagválasztás a történelmi alapanyagok teljeskörű figyelembevétele mellett történt. Speciális habarcsból (MC-Plaster TKM-HS) készütek a repedések, felületi hiányosságok lezárása, mielőtt az injektálást (Oxal VP IT flow, Oxal VP TK) el lehetett készíteni. A munkákhoz gépi technológiát is biztosítottunk (BMP 6 csigás pumpa)